九座寺原名太平禅院，位于福建莆田仙游县西北的九座山（也称凤山），因山名“九座”，故其寺又名九座寺，建寺者为仙游度尾留坡的智广禅师。

据清刻《开科禅师语录》及嘉庆十五年（1810）抄本《正源》等史料所记：智广十八岁时在福州出家，唐文宗开成二年（837）即三十一岁时“旋往蒿（嵩）山，受持戒法”，唐宣宗大中六年（852）移居乡里，“唐懿宗咸通六年（865），开山九座山太平禅院……广传临济正宗。门叶繁荣，五百余众”。为此，历史上留下了“南少林”之誉。

苦菜寺是座与九座山太平禅院有着直接法脉关系的寺院，位于漳州东山岛龙潭山南麓，历奉太平禅院为祖庭，至今在太平禅院内挂有苦菜寺相赠的“匝地莲声”匾额。据《正源》记载，明天顺六年（1462），有位名叫雪熙贤的禅师“劫逃南下”，居于东山龙潭山麓“潜修苦行”。明成化三年（1467）邑人赞其德而施舍捐银，拓建苦菜寺，一时“戒律精严，文武同修，结文绅名士，论诗书礼乐。宗风丕振，二百余众，兴少室而条（叶）昌”。此为该寺起源。

清康熙三年（1664）诏命“迁界”，清军摧城焚居，苦菜寺毁于战火。康熙二十一年（1682），清政府下令“复界”的第三年，原苦菜寺的本源禅师择地兴建古来寺，并奉苦菜寺开山僧雪熙贤为传灯师祖。

东山地属漳州辖区，毗邻云霄、诏安，为清代天地会的活动重地。有关古来寺与天地会的关系，除民间口碑外，文本资料主要见于一份嘉庆十五年（1810）的抄件，原抄件无题名，故用扉页中“正源”作名。依其文义，所谓“南少林之誉”，显然指唐懿宗咸通六年（865）由智广上人开建的九座山太平禅院。

当然，九座寺有“南少林之誉”，显然是后人的褒称，并非是具体的寺址概念。不过从资料记述的内容看，九座寺的“南少林”并无任何武术活动，直到明代雪熙贤所建的苦菜寺，才出现了“戒律精严，文武同修”的景况。“戒律精严，文武同修”，与“颇闻经律余，多亦谙武艺”的嵩山少林宗风，十分相符。

南少林寺命运多舛，却又生命力旺盛，几经起落，却又延续至今，仿佛是中华文明和国粹武术的写照。寺庙曾因反清复明被夷为平地。直至1986年，考古学家挖掘发现南少林寺遗址，这才让其呈现在世人面前。1989年，在政府的大力扶持下开始重建，僧众齐心协力，把原先“万般皆欠缺、唯佛是具足”的佛教遗址,建设成三宝具足的武林胜地。

可见，南少林的形成是一个多文化作用下的合力过程：其中既有唐代以来少林文化的历史积淀，也有受明清时期少林武名的深刻影响，再有就是天地会内部集会、习武的自身需要等，最终使其凝聚为一种铭刻于心的集体记忆。